Vào đầu tháng 11 năm 2017, San Juan đã tham gia cuộc tập trận hải quân ở Tierra del Fuego, bao gồm việc chìm tàu ​​cũ ARA Somellera như một mục tiêu.[14][15]. Với trò chơi chiến tranh hoàn thành và sau một chuyến viếng thăm Ushuaia mở cửa cho công chúng, tàu ngầm đi thuyền đến cảng nhà của nó ở Mar del Plata.[16]. Ngày 17 Tháng Mười Một, nó đã được thông báo rằng nó đã không được nghe từ kể từ 15 Tháng Mười Một, và rằng các hoạt động tìm kiếm cứu nạn đã được đưa ra khoảng 200 hải lý (370 km; 230 mi). Phía đông nam của vịnh San Jorge[17] Có ít nhất 44 thủy thủ trên tàu ngầm bị mất tích,[18] mang oxy trong thời gian không quá bảy ngày khi lặn.[19] Trong số đó có nhân viên tàu ngầm nữ đầu tiên của Argentina là Eliana María Krawczyk.[20]

Vào ngày 17 tháng 11, Mauricio Macri, tổng thống Argentina đã chuyển đến nơi ở chính thức tại Chapadmalal, gần Mar del Plata, để theo sát hoạt động tìm kiếm và cứu hộ một cách chặt chẽ hơn.[21][22] Lực lượng Vũ trang Argentine thiết lập trung tâm hoạt động tại căn cứ hải quân ở Mar del Plata, cùng với các thành viên gia đình của tàu ngầm cũng có mặt tại căn cứ. Hải quân Argentina đã đưa một nhóm các chuyên gia về sức khoẻ tâm thần để giúp đỡ các gia đình, trong khi một nhóm để giữ cho họ cập nhật về các nỗ lực tìm kiếm và cứu hộ cũng đã được thiết lập.[23]

Ngày 18 tháng 11, Bộ Quốc phòng Hoa Kỳ báo cáo rằng đã có những nỗ lực truyền thông ngày hôm đó từ một chiếc điện thoại vệ tinh được cho là từ tàu ngầm,[24][25] nhưng sau đó đã xác định rằng các cuộc gọi không phải là từ tàu ngầm này.[19]

Vào ngày 19 tháng 11, Lực lượng Vũ trang Argentina tuyên bố rằng thời tiết khắc nghiệt với sóng 8 mét (26 ft) trong khu vực đã cản trở nỗ lực tìm kiếm và điều kiện thời tiết sẽ không thuận lợi cho đến ngày 21 tháng 11.[26][27]

Vào ngày 20 tháng 11, Hải quân Argentina thông báo rằng "giai đoạn cấp bách" để giải cứu đang tiến tới. Mặc dù tàu ngầm có đủ nguồn cung cấp cho 90 ngày trên mặt nước, nó chỉ có đủ oxy trong 7-10 ngày dưới nước và nó được suy đoán rằng nó đã được dưới nước khi truyền thông đã bị mất trong thời tiết thô. Hải quân cũng tuyên bố rằng nếu vấn đề đơn giản là thất bại trong giao tiếp, thì San Juan sẽ đến Mar del Plata vào ngày 19 hoặc 20 tháng 11.[19][28] Hải quân Argentina sau đó đã báo cáo rằng các hệ thống sonar trên hai tàu và phao sonar do máy bay P-8A Poseidon của Hoa Kỳ rơi xuống đã phát hiện ra tiếng ồn có thể đến từ San Juan, trong khi một sĩ quan cao cấp của Hải quân Hoa Kỳ nói với CNN rằng điều này nghe như đập vào thân tàu để cảnh báo tàu đi qua,[28][29][30] tuy nhiên, sau đó phân tích âm thanh xác định rằng âm thanh "không tương ứng với tàu ngầm", và có lẽ có nguồn gốc sinh học.[31] Vào cuối ngày, các tàu biển của Hải quân Argentine Puerto Deseado và ARA Austral với sự hỗ trợ của chiếc tàu phá băng Almirante Maximiano của Hải quân Brasil đã tiến hành quét rộng rãi nơi bắt đầu âm thanh sinh học.[32] Hải quân Hoàng gia tuyên bố rằng các con sóng 10 mét (33 ft) đã làm chậm việc tìm kiếm, nhưng làm dịu thời tiết dẫn đến điều kiện sonar được cải thiện.Tính đến ngày 21 tháng 11, diện tích tìm kiếm là 482.507 kilômét vuông (186.297 sq²), trong khi 15 chiếc máy bay và 17 tàu đang tích cực tìm kiếm khu vực.[33] Điều kiện thời tiết được cải thiện, với sóng 3-4m (9,8-13,1 ft), làm cho việc tìm kiếm tàu ​​ngầm ít khó khăn hơn.[34] Hải quân Hoa Kỳ sau đó báo cáo rằng một trong những máy bay của nó đã phát hiện ra một chữ ký nhiệt tương ứng với một vật thể kim loại ở độ sâu 70 mét (230 ft), cách bờ biển Puerto Madryn khoảng 300 km (190 dặm). Không có xác nhận chính thức từ Hải quân Argentina cho dù đối tượng này thực sự là San Juan, nhưng nguồn tin cho tờ Clarín biết rằng một hạm đội trong khu vực dẫn đầu bởi phi thuyền ARA Drummond đã được lệnh phải tiến hành "với tốc độ cao" về phía nơi phát hiện vật thể.[35] Lúc 7 giờ tối, chiếc tàu HMS Protector của Anh, trong khu vực tuần tra hàng hải của mình, đã nhìn thấy ba tia lửa về phía đông: một quả cam và hai màu trắng. Thông tin này được báo cáo cho Puerto Belgrano khi Trung tâm Điều hành tìm kiếm và Cứu nạn được thành lập vì vậy, việc triển khai một tàu khu trục và hai tàu hộ tống của Hải quân Argentine đã được yêu cầu thực hiện một tuần tra biển và đánh giá sử dụng sonar, giữ cho hoạt động và thụ động nghe bất cứ liên lạc nào có thể phóng hỏa tiễn, thì chiếc máy bay Poseyon P-8A của Hoa Kỳ đến cùng khu vực cũng đã được lệnh. Phương tiện thứ ba được sử dụng để chứng minh bất kỳ dấu hiệu nào, là một chuyến bay siêu nhẹ 300 mét (980 ft) của máy bay Lockheed P-3 Orion của Không lực Braxin được trang bị một máy dò dị thường dạng từ, là ba phương tiện đã được sử dụng để xác minh một tiếp xúc (âm thanh, nhiệt và từ tính) và không có dấu hiệu của sự hiện diện của tàu ngầm.[36]